No es que sea mejor una cosa u otra, es que son comportamientos diferentes.
En efecto, ir en B utiliza más regeneración de batería cuando no estás acelerando ni manteniendo velocidad, por lo tanto, el coche retiene y se frena mucho más cuando levantas el pie del acelerador, cargando más la batería. No es que cuides los frenos, es que, evidentemente, son menos necesarios de usar, al igual que la batería, que tampoco la cuidas, sino que la recargas un poquito más.
Utiliza los modos que quieras. Yo en conducción normal de un híbrido solo uso el modo B en circulación meramente urbana o descendiendo puertos de montaña. Por lo demás, se me hace muy incómodo que el coche no tenga la inercia que espero al levantar el acelerador y voy en D.