Lo de poner la calefacción a tope durante unos minutos es para quitar la humedad que pueda haber en los circuitos de ventilación, pero no matará esa colonia de bacterias generadas por la humedad que había hasta entonces.
Hay productos específicos para limpiar los conductos, por 10€ y lo puedes hacer tú solo.
También recomendable que cuando se use el aire acondicionado, no se deje conectado hasta el momento en que apagues el coche, si no que lo quites unos minutos antes de aparcar, para que no se condense la humedad en los tubos.
Y obviamente cambiar el filtro de partículas del habitáculo cada 15.000-20.000km según se haga mucha ciudad o carretera (los de carbono mejor)